Okres wylęgania (tzn. od zakażenia do wystąpienia objawów) wynosi od 6 do 20 dni.18 Symptomem może być kaszel, traktowany u dzieci jako objaw nie wyleczonego przeziębienia, przewlekłego zapalenia oskrzeli, u dorosłych jako efekt palenia papierosów.16,22
Pierwsze objawy krztuśca są trudne do rozpoznania. Pojawiają się dopiero po 3–14 dniach od zakażenia i sugerują zwykłe przeziębienie: katar, kaszel, zapalenie spojówek, nieco podniesiona temperatura ciała. Z biegiem czasu kaszel staje się charakterystyczny dla kokluszu – napadowy, męczący, świszczący. Jest on spowodowany działaniem toksyn bakteryjnych, uszkadzających tkanki układu oddechowego. Napady kaszlu mogą kończyć się wymiotami. Charakterystyczne objawy krztuśca pojawiają się dopiero po upływie 10–14 dni - w drugim stadium choroby, które trwa 2-4 tygodnie.15,17,18,20,21
W przypadku atypowego krztuśca u niemowląt i dzieci poniżej 6 miesiąca życia zamiast napadowego kaszlu występują napady bezdechu i sinica.16,17 W łagodniejszej postaci krztuśca występującej u starszych dzieci i dorosłych główną dolegliwością jest suchy, trwający nawet kilka tygodni, kaszel.21
Nawet szybko i prawidłowo leczony krztusiec może mieć powikłania. Tworzą się wówczas przepukliny, mogą występować krwawienia wewnętrzne. Powikłaniami krztuśca mogą być między innymi: zapalenie oskrzeli, zapalenie płuc i zapalenie ucha środkowego. Choroba może mieć także, w rzadkich przypadkach groźne następstwa neurologiczne, takie jak zaburzenia świadomości, uszkodzenie wzroku i słuchu, zapalenie mózgu, zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych. Najgroźniejszym powikłaniem jest krztuścowe uszkodzenie mózgu, wywołane niedotlenieniem mózgu.16,17,20,21 Gęsta, zalegająca wydzielina utrudnia prawidłowe oddychanie. Tworzy się niedodma płuc.15,21 Późnymi następstwami choroby mogą być zaburzenia w fizycznym i umysłowym rozwoju dziecka.18