Czas od zakażenia do wystąpienia objawów jest szacowany na 7–14 dni. Kleszczowe zapalenie mózgu (arbowirusowe) przeważnie przebiega inaczej niż zapalenia mózgu wywołane innymi wirusami. Po ukąszeniu kleszcza i wprowadzeniu wirusa do organizmu człowieka następuje namnażanie komórek wirusa w węzłach chłonnych w okolicy ukąszenia. Następnie wirus masowo przedostaje się do krwi (faza wiremii) i może przedostać się do mózgu. Prawdopodobieństwo wystąpienia zapalenia mózgu jest zależne od wieku (częściej dochodzi u dzieci i osób starszych).
W Polsce (i jej południowo-zachodnich sąsiadów) występuje środkowoeuropejska odmiana wirusa. Jest to najłagodniejsza odmiana, częściej daje zakażenia bezobjawowe, a śmiertelność z powodu infekcji układu nerwowego wynosi około 2%. Choroba może jednak pozostawiać trwałe ubytki neurologiczne (niedowłady, porażenia nerwów, opóźnienie rozwoju psychicznego). Dla porównania, większość zakażeń syberyjską odmianą w jest objawowa, a śmiertelność sięga 30%.
Zwalczanie wirusów i zapobieganie zakażeniom wirusem kleszczowego zapalenia mózgu w Polsce sprowadza się do noszenia odpowiedniej odzieży przy przebywaniu w terenie leśnym i stosowanie środków odstraszających. Choroba nie przenosi się z człowieka na człowieka. W krajach. Gdzie wirus rozpowszechnia się dzięki komarom istotne jest zwalczanie komarów i stosowanie moskitier.
W celu zwiększenia odporności stosuje się szczepienie przeciwko środkowoeuropejskiemu zapaleniu mózgu. Szczepionka przeznaczona jest do uodparniania osób przebywających stale lub okresowo na terenach endemicznego występowania wirusa (teren endemiczny – teren gdzie stwierdzono zachorowania w ciągu ostatnich 24 miesięcy; w Polsce to tereny leśne północno – wschodniej części kraju). Grupami największego ryzyka są pracownicy leśni, wojsko na poligonach oraz turyści i koloniści (dzieci i młodzież stanowią ok. 25% chorujących).
Szczepienie podstawowe dla dorosłych i dzieci powyżej 1 roku życia obejmuje trzy dawki podawane według schematu 0, 1 i 12 miesięcy. Dawka przypominająca zalecana jest po 3 latach od ukończenia szczepienia podstawowego i powinna być powtarzana co 3 lata.
Szczepienie przeciwko środkowoeuropejskiemu zapaleniu mózgu jest ujęte w polskim Programie Szczepień Ochronnych jako szczepienie zalecane.3
Szczegółowe informacje o występowaniu kleszczowego zapalenia mózgu w Europie oraz o szczepionkach i ich skuteczności można znaleźć na stronach Międzynarodowej Grupy Roboczej do Spraw Odkleszczowego Zapalenia Mózgu (ISW on TBE): http://www.tbe-info.com.